北京企业进行境外投资备案的流程通常包括以下步骤：

前期准备

制定境外投资计划，包括投资目标、规模、方式等。

准备相关材料，如境内投资主体的营业执照、章程、审计报告等；境外投资项目的可行性研究报告、投资协议等。

发改委备案

填写项目备案申请表，进行申报。

发改委审核，如有需要，可能要求补充材料或进行现场核查。

审核通过后，获得《境外投资项目备案通知书》。

商务部门备案

填写企业境外投资备案表，提交相关材料，进行申报。

商务部门审核，如通过，颁发《企业境外投资证书》。

外汇登记

凭发改委和商务部门的备案文件，前往银行办理外汇登记手续。