上海企业有效进行境外投资备案，需要遵循一系列关键步骤并注意相关事项，以确保整个备案过程的顺利和合规。以下是详细的步骤和注意事项：

明确投资目标和计划：确定投资的具体国家、行业、项目类型及规模等。

了解政策法规：详细研究国家及上海市关于境外投资的政策法规，特别是《企业境外投资管理办法》等文件。

准备申请材料：根据要求准备完整的申请材料，包括但不限于企业法人营业执照、组织机构代码证、投资项目的可行性研究报告、投资协议、境外投资备案申请表等。

选择提交部门：

中央企业直接向商务部提出申请。

其他企业向所在地的省级商务主管部门（即上海市商务委员会）提出申请。

等待审核：商务部门将对提交的材料进行审核，确保投资项目符合相关法律法规和政策要求。

审核结果：

对于符合条件的企业，商务部门将颁发《企业境外投资证书》。

涉及外汇管理的，企业还需向外汇管理局报备，并可能获得《境外直接投资外汇登记证》。

银行备案：投资者需将《企业境外投资证书》等文件提交给境外投资所在地的银行，进行资金汇出等手续。

监管部门备案：根据投资项目的不同性质，投资者还需将备案材料提交给相关监管部门进行备案手续。

合规经营：企业在境外投资过程中，应遵守中国的法律法规和当地的法律法规，进行合规经营。

资料齐全且真实：企业在申请境外投资备案时，需确保所有提交的资料齐全、真实、有效，避免因资料不全或虚假导致申请失败或被撤销。

关注敏感项目和行业：对于涉及敏感国家和地区、敏感行业的投资项目，企业需要特别关注相关政策和审核要求，可能需要进行更严格的核准管理。

时间规划：整个备案过程可能需要一定的时间，企业应提前规划好时间，避免因时间紧迫而影响投资进度。

合规经营：在境外投资过程中，企业应严格遵守相关法律法规和当地的规定，进行合规经营，避免因违规行为而面临法律风险和处罚。

专业咨询：境外投资备案涉及复杂的法律法规和程序，企业可以寻求专业的咨询机构或律师事务所的帮助，以确保备案手续的顺利进行。

通过以上步骤和注意事项，上海企业可以更加有效地进行境外投资备案，确保投资活动的合法性和合规性。