境外投资备案中的股权变更与换发新证流程是一个相对复杂但必要的过程，以确保企业的投资行为合法合规，并维护企业的合法权益。以下是根据当前最新信息整理的详细流程：

内部决策：

企业需要召开董事会或股东会，讨论并通过股权变更的决议。这是确保股权变更决策合法有效的前提。

资料准备：

营业执照副本复印件（需加盖公章）。

股权架构图，详细说明股东名称、持股比例等信息。

变更事项的相关证明文件，如股东会决议、股权转让协议等。

变更后的境外企业章程或合同。

如涉及融资项目，还需提供融资意向书；如涉及并购，还需提供尽职调查报告等。

填写申请表：

企业需要通过商务部业务系统统一平台或对外投资合作信息服务系统填写《境外投资备案变更申请表》或《境外投资备案表》，并上传相关真实性审核材料。

提交申请材料：

将填写好的申请表及其他所需材料提交至商务部或省级商务主管部门。注意，所有提交的材料必须真实、准确、完整，以确保审核的顺利进行。

初步审查：

商务部或省级商务主管部门对提交的材料进行初步审查，检查材料是否齐全、格式是否符合要求。

实质审查：

对申请材料的真实性、合法性进行实质审查，必要时会征求驻外使（领）馆的意见。这一步骤是确保股权变更合法合规的关键。

决定：

审查通过后，商务部或省级商务主管部门将在规定时间内（通常为3个工作日内）予以备案，并颁发新的《企业境外投资证书》。这份新证书将反映企业最新的境外投资结构。

领取新证：

企业在收到备案通过的通知后，可以前往相关部门领取新的《企业境外投资证书》。这是股权变更流程的最终步骤，也是企业合法进行境外投资活动的重要凭证。

及时性：企业应在境外投资事项发生变更后规定时间内（如30日内）办理变更手续，以避免延误导致的处罚和影响企业的合规性。

真实性、准确性、完整性：所有提交的材料必须真实、准确、完整，以确保审核的顺利进行和避免不必要的麻烦。

合规性：变更后的投资结构必须符合中国及投资目的地国家/地区的相关法律法规，以确保企业的投资行为合法合规。

         境外投资备案中的股权变更与换发新证流程涉及多个步骤和注意事项，企业需要认真准备、按步就班地进行以确保流程的顺利完成。