办理境外投资备案的流程可以清晰地分为以下步骤：

一、前期准备

了解境外投资备案的要求和条件：

境内企业通过新设、并购等方式在境外拥有非金融企业或取得非金融企业的所有权、控制权、经营管理权及其他权益的行为，需要进行境外投资备案。

如果企业境外投资涉及敏感国家和地区、敏感行业的，需要实行核准管理。

主体需要为我国境内依法成立的企业，成立时间不满一年的企业，若无法提供完整的经审计的财务报表，一般不能通过审批部门的核准或备案。

准备备案所需材料：

申请书（包括投资主体情况、境外企业名称、股权结构、投资金额、经营范围、经营期限、投资资金来源、投资具体内容等）。

《境外投资申请表》。

境外投资相关合同或协议。

有关部门对境外投资所涉的属于中华人民共和国限制出口的产品或技术准予出口的材料。

并购类境外投资须提交《境外并购事项前期报告表》。

企业营业执照复印件。

审计报告（近一年独立第三方会计事务所出具，不能出现亏损）。

境外投资真实性承诺书等。

二、办理流程

发改委立项与备案：

向发改部门及委会部门申请项目，报送项目信息。

境内投资人签署各项所需法律文件。

待发改部门核准或备案，发放核准文件或备案通知书。

商务部审批发证：

商务部门核准或备案，发放《企业境外投资证书》。

企业应在收到证书2年内在境外开展投资。

外汇管理局备案：

银行放外汇，外管局监管。

投资金额500万美金以上的，需向外管部门汇报。

外管部门审核后，向境内企业发放《境外直接投资外汇登记证》。

三、注意事项

遵守相关法律法规和政策，确保投资活动的合规性和合法性。

根据具体情况，可能需要向其他主管部门（如国资委等）申请审批或备案。

注意投资证书的有效期，确保在有效期内开展相应的投资活动。

总结：办理境外投资备案需要企业充分了解相关政策和要求，准备好必要的材料，并按照流程依次向发改委、商务部和外汇管理局申请备案。同时，企业需要注意投资证书的有效期，确保在有效期内开展投资活动。