企业跨境换股并购的备案与登记流程是一个复杂且涉及多个部门的过程，主要包括商务部、外汇管理局以及登记管理机关等。以下是根据公开发布的信息整理的企业跨境换股并购的备案与登记流程：

一、前期准备与尽职调查

明确并购意向与目标：企业首先需要明确跨境换股并购的意向和目标，包括选择合适的并购对象、确定并购方式等。

聘请并购顾问：境内公司或其股东应当聘请在中国注册登记的中介机构担任并购顾问，对并购申请文件的真实性、境外公司的财务状况以及并购是否符合资产评估结果及相关条件进行尽职调查，并出具并购顾问报告。

二、商务部备案与审批

提交审批文件：境内公司应按《关于外国投资者并购境内企业的规定》等法规要求，向商务部报送审批文件。这些文件通常包括并购申请书、并购合同、并购顾问报告、并购双方的企业资料及财务状况证明等。

审核与批准：商务部自收到规定报送的全部文件之日起30日内对并购申请进行审核。符合条件的，将颁发批准证书，并在批准证书上加注“外国投资者以股权并购境内公司，自营业执照颁发之日起6个月内有效”。

三、变更登记与外汇管理

变更登记：境内公司应自收到加注的批准证书之日起30日内，向登记管理机关、外汇管理机关办理变更登记。登记管理机关、外汇管理机关将分别向其颁发加注“自颁发之日起8个月内有效”字样的外商投资企业营业执照和外汇登记证。

提交额外文件：在办理变更登记时，境内公司需要提交旨在恢复股权结构的股权变更申请书、公司章程修正案、股权转让协议等文件。

四、境外投资开办企业核准与登记

申请核准与登记：自营业执照颁发之日起6个月内，境内公司或其股东应就其持有境外公司股权事项，向商务部、外汇管理机关申请办理境外投资开办企业核准、登记手续。当事人需提交加注的外商投资企业批准证书和营业执照等文件。

颁发批准证书：商务部在核准境内公司或其股东持有境外公司的股权后，将颁发中国企业境外投资批准证书，并换发无加注的外商投资企业批准证书。

五、后续登记与税务变更

换发证件：境内公司取得无加注的外商投资企业批准证书后，应在30日内向登记管理机关、外汇管理机关申请换发无加注的外商投资企业营业执照、外汇登记证。

税务变更登记：境内公司或其股东凭商务部和登记管理机关颁发的无加注批准证书和营业执照，到税务机关办理税务变更登记。

六、注意事项

时间限制：整个流程中存在多个时间限制，如自营业执照颁发之日起6个月内完成相关手续，否则相关证书将自动失效。

合规性要求：在取得无加注的外商投资企业批准证书、外汇登记证之前，企业不得向股东分配利润或向有关联关系的公司提供担保，也不得对外支付转股、减资、清算等资本项目款项。

总之，企业跨境换股并购的备案与登记流程涉及多个环节和部门，需要企业仔细准备并严格遵守相关法律法规和规定。